串匹配之bm算法 ============= ## 以终为始 在[串匹配之kmp算法](kmp.md)中,已经简单介绍了`kmp`算法的基本原理与实现。`kmp`算法的基本思想,是利用已经成功匹配的字符的信息,快速跳过无意义的对齐位置,从而实现更高的效率。下面,我们首先对这样的思想进行更深入的研究。 在实际的串匹配问题中,字符集的规模往往是挺大的,比如说英文字符集,就至少有52个字符,更不要提ASCII码,还有中文字符集了。这样,在随机的情况下,一次比对成功的概率只有`1/52`,并且多次比对成功的概率以指数的速率减小,比对的次数服从几何分布,期望的比对次数仅有一次。在这种情况下,即使是蛮力算法,其时间复杂度也只有`O(n + m)`。 在一般的串匹配问题中,模式串的规模较小而文本串的规模往往极大,比如在一篇论文中查找某个英文单词的情形,在这种情况下,文本串中往往具有大量模式串中不会出现的字符。设想如果在任意一个对齐位置,模式串与文本串是从后往前比对,此时一旦在文本串中出现模式串中不存在的字符,就可以将整个模式串移出这个字符,从而跳过大量无意义的对齐位置。如下图所示: ![compare_backwards](compare_backwards.png) 如我们前面指出的那样,这种情况在头几次比对中出现的概率是极高的,因此相对于自左向右的比对,将比对的方向变成自右向左,的确可以极大地提高串匹配的效率。 ## bm-bc策略 坏字符(bad character, bc)策略是一种非常简明的策略。它的基本思想是,在自后向前的某次匹配中,一旦在某个位置`k`比对失败,则将模式串整体右移,并且重新从右至左开始新一轮的比对,将比对失败的字符称为坏字符。而要使下一个对齐位置能够匹配,则至少要在坏字符处能够匹配才行,如下图所示: ![bad_character](bad_character.png) 因此,坏字符策略实现的关键,就在于找到模式串中,位于坏字符`Y`左侧,并且与字符`X`能够匹配的下一个字符。应该指出的是,这样的字符能够有多个,也就对应了多个移动距离,所有这些移动距离都是值得对齐的。因此,为了不错过其中的任意一个字符,应该取移动距离最小的那一个,使之与文本串中的`X`对齐。 为了快速地确定下一个对齐位置,可以仿照`kmp`算法的思路,对于模式串中出现过的所有字符,保存每个字符出现的最后位置,构成`bc`表,以便在字符匹配时迅速更新对齐位置。因此,`bc`表就有$\left|\Sigma\right| + 1$项,其中$\Sigma$为模式串的字符集,并且将额外的一项用来代表所有没有在模式串中出现过的字符,此时直接将模式串整体移过该字符。 这样,`bm-bc`策略就可以利用`bc`数组来快捷地实现了。在一次匹配失败后,比如失败位置`j`处文本串字符为`X`,查询`bc`表会有三种情况: 一是`bc[X]`的确存在,并且`bc[X] < j`,此时直接将`bc[X]`处的字符平移到与文本串中的`X`对齐,即可开始新一轮的比对,此时模式串移动的距离应该是`j - bc[X]`;另一种情况是`X`没有出现在模式串的字符集中,此时应该将模式串整体移动字符过`X`,即移动的距离的`j + 1`,为了与上面的情况统一,可以令`bc[*] = -1`,其中`*`表示所有没有出现在模式串中的字符,另一种理解方法是认为在模式串的左侧`P[-1]`存在一个通配符可以与`X`匹配。这两种情况如下图所示: ![bc_case12](bc_case12.png) 最后一种情况是`bc[X]`存在,但是`bc[X] > j`,即`P[bc[X]]`出现在`P[j]`的右侧,此时显然是不可以将`P[bc[X]]`与文本串中的`X`对齐的,因为此时将造成模式串的左移。实际上,这种对齐早在之前的比对中就已经被排除掉了。这种情况下,不妨简单地让模式串右移一个单位,然后从右至左开始新一轮的比对。该情况如下图所示: ![bc_case3](bc_case3.png) 这样,可以形成下面基于`bm-bc`策略的串匹配代码: ```c int match(char* text, char* pattern){ int *bc; makeBC(text, &bc); int m = strlen(pattern), n = strlen(text); int i, j; for(i = 0, j = m - 1;i + j < n;){ while((j >= 0) && (pattern[j] == pattern[i + j])) --j; if(j < 0) break; //else i += (bc[text[i + j]] < j? j - bc[text[i + j]]: 1); j = m - 1; } delete [] bc; return i; } ``` ### `bc`表的构建 实际上,在前面的讨论中,已经涉及到了如何构造`bc`表的问题,这里做一个统一的总结。为了构造`bc`表,需要遍历模式串中的每一个字符,并且把每个字符`X`最后出现的位置保存在`bc[X]`中。为了简单起见,这里的`bc`表包含全部字符集,比如整个ASCII码字符集,这样便于判断某个字符是否出现在模式串当中,否则还需要额外建立一个散列表或者位图,还是需要消耗同样的空间,因此这里的`bc`表兼具了给出移动位置以及散列表的作用。 在`bc`表的构建中采用`画家算法`(painter's algorithm),即从左至右遍历模式串,对于其中每一个出现的字符,都将其位置(或者秩)更新到其在`bc`表中对应的项中,这样,遍历结束时`bc`表保存的就是所有字符最后出现过的位置了,因为`bc`表中各项的值,只取决于该字符最后一次出现的位置,类似于画家作画时,画布上的某处最终的颜色,仅取决于画家在该处的最后一笔,因此称之为画家算法。`bc`构造的算法如下: ```c void makeBC(char* const pattern, int* bc){ bc = new int[256]; for(int ix = 0; ix != 256; ++ix) bc[ix] = -1; //initialize to -1 for(int ix = 0; pattern[ix] != '\0'; ++ix) bc[pattern[ix]] = ix; //painter's algorithm } ``` 使用`bc`策略时,最好可以达到`O(n/m)`的时间复杂度,对应了每次都在最右一个字符匹配失败,然后整体右移`m`个单位的情况,如下图所示: ![bc_bestcase](bc_bestcase.png) 这固然是一个非常好的结论,但是`bc`策略在最坏情况下却会达到`O(mn)`的时间复杂度,与蛮力策略相当,该情况如下图所示: ![bc_worstcase](bc_worstcase.png) 可以看到,在这种情况下,每次都需要进行`m - 1`次比对,才能在最左侧一次比对中失败,而该次失败只能让模式串右移一个单位。这种情况正与蛮力策略的最好情况相一致。一般地,单次匹配成功的概率越大,即字符集越小,就越接近于这种最坏的情况;单次匹配成功的概率越小,即字符集越大,就越接近于最好的情况。 ### bm-gs策略 对上述`bc`策略低效的原因进行分析,可以发现这是因为`bc`策略中只利用到了匹配失败的`坏字符`,而在坏字符之前的那多次成功比对却直接被`bc`策略忽略了。在上面的这种情形中,如果注意到最左侧的`1`与其右侧四个字符均不相等,一次比对失败后可以直接跳过这四个无意义的对齐位置,从而规避了这种低效的情况。 基于上面的考虑,我们这里提出好后缀(good suffix, gs)策略。顾名思义,好后缀策略就是要将某次比对失败前的成功比对信息加以利用,因此它的思想和`kmp`算法是一致的。具体说来,就是要利用这些成功比对的信息,将模式串直接移动到下一个值得对齐的位置,那么这里的值得对齐的位置和`kmp`算法是否存在异同呢? 设某次比对失败于模式串的位置`j`,因此`P[j+1, m)`与文本串中的对应字符依次相等。一般地,如果这`m - j -1`个字符在模式串中左侧的另一位置再次出现,则显然是一个值得的对齐位置,如下图所示: ![gs_case1](gs_case1.png) 但是如果这`m - j - 1`字符没有在模式串中重复出现,是否就不存在值得的对齐位置了呢?答案是否定的,因为此时的情形就类似`kmp`的情形了啊,一般地,如果模式串存在一个前缀,与子串`P[j+1, m)`的后缀相互匹配,那么这也是一个值得的对齐位置,如下图所示: ![gs_case2](gs_case2.png) 和`bc`算法和`kmp`算法一样,如果这样的对齐位置有多个,应该取出其中移动距离最短的一个,从而不会错过其他的对齐位置。并且仿照`bc`策略和`kmp`算法的思想,可以预先构造一个`gs`表,其中`gs[i]`表示在第`i`个位置比对失败后,按照`好后缀策略`应该采取的位移量。这样,就可以通过`bc`表和`gs`表把两个策略结合起来,具体说来,由于两个策略都是给出可能匹配的必要条件,因此值得对齐的位置一定同时满足这两个必要条件,在一次匹配失败后,可以同时查询`gs[i]`和`bc[i]`,并且选择它们给出的移动距离的最大值,来作为最终的移动距离,具体的代码如下: ```c int match(char* text, char* pattern){ int *bc, *gs; makeBC(text, &bc); gs = buildGS(pattern); int m = strlen(pattern), n = strlen(text); int i, j; for(i = 0, j = m - 1;i + j < n;){ while((j >= 0) && (pattern[j] == pattern[i + j])) --j; if(j < 0) break; //else i += MAX(gs[j], j - bc[text[i + j]]); j = m - 1; } delete [] bc; delete [] gs; return i; } ``` 需要指出的是,`gs`表是只依赖于模式串`P`本身的,这是因为和`kmp`类似,文本串的相关字符已经全部和模式串匹配了。以下就主要讨论如何高效地构造`gs`表,而这个问题非常复杂,我只能尽量...... ### gs表的构造 还是首先考虑蛮力策略吧,为了找到`gs`表中的任意一项,如`gs[i]`,根据`gs`表的语义,应该从位置`i`往前遍历整个模式串,直到出现上面讨论过的两种情况位置,其最坏情况下的时间复杂度为`O(m^2)`,因此蛮力算法构造`gs`表的时间复杂度为`O(m^3)`。而这里要介绍的一种`O(m)`构造`gs`表的策略,你就知道它有多难了。 > ss表 为了构造`gs`表,首先引入`ss`表的概念——`ss[i]`是表示在`P[0, i]`的所有后缀中,与`P`的某一后缀匹配的最长长度,即最长匹配后缀(maximum matched suffix)的长度。如下图所示: ![ss_definition](ss_definition.png) 如果可以成功地构造出`ss`表的话,就可以用`ss`表快捷地构造出`gs`表,因为`ss`表中包含了`gs`表中的全部信息。 > ss -> gs 这里先讨论如何通过`ss`表构造出`gs`表。 实际上,对应于上面提到的好后缀的两种情形,由`ss`表构造`gs`表也无非两种情况。第一种情况是`ss[j]`对应的最长匹配后缀延伸到了`P`的最左侧,此时有 ```c ss[j] == j + 1; ``` 如下图所示: ![ss2gs_case1](ss2gs_case1.png) 此时,对于模式串中所有的秩为`i`的字符,如果有`i < m - j - 1`,则`MS[j]`都是在该处匹配失败的一个候选对齐位置,对应了上面好后缀的第二种情形,此时它们的移动距离距离都是`m - j - 1`,即`m - j -1`必然是`gs[i]`的一个候选。需要指出的是,这种情形并不适用于`i >= m - j - 1`的情形,因为首位两个子串完全匹配,在该位置对齐后的下一次匹配必然会失败。 第二种情形是`ss[j]`是`P[0, j]`的一个真后缀,此时有 ```c ss[j] < j + 1; ``` 如下图所示: ![ss2gs_case2](ss2gs_case2.png) 在这种情况下,`MS[j]`只能作为在位置`m - ss[j] - 1`处比对失败的候选对齐位置。这是因为,假如`i > m - ss[j] - 1`,这里的情形与上面讨论的一致,两个子串完全匹配,在该位置对齐后的下一次匹配必然会失败;而假如`i < m - ss[j] - 1`,由于`ss[j]`的最值性,`MS[j]`的前一个字符必然与`P[m - ss[j] - 2]`不相等,因此这并不是一个有意义的对齐位置。综上,此时`m - j - 1`是`gs[m - ss[j] - 1]`的一个候选。 将上述两种情况进行综合,可以得到下面的通过`ss`表构造`gs`表的算法: ```c int* buildGS(char* P){ int* ss = buildSS(P); int m = strlen(P); int* gs = new int[m]; //initialize for(int j = 0; j < m; ++j) gs[j] = m; for(int i = 0, j = m - 1; j >= 0; --j) if(ss[j] == j + 1) while(i < m - j - 1) //double loop? gs[i++] = m - j - 1; for(int j = 0; j < m - 1; ++j) //painter's algorithm gs[m - ss[j] - 1] = m - j - 1; delete []ss; return gs; } ``` 需要对上面的算法做一些说明。可以看到,在构造`gs`表时,是使用画家算法,优先对`ss`的第一种情形进行判断,再使用第二种情形的结果来覆盖第一种情形。实际上,`ss`的第二种情形的确是优先于第一种情形的,可以证明,对于同一位置`i`,`ss`的第二种情形对应的位移量一定小于第一种情形,可以画个图自己看看(留作习题答案略,读者自证不难 然后对两种情形的两次循环,其方向是不一致的。第二个`for`循环(第一种情形的循环),对于每个位置`i`,是直接写入它的最短移动距离,因此是从右到左的循环。而第三个`for`循环(第二种情形的循环)由于是使用画家算法,需要不断覆盖之前的结果,所以是从左到右的循环,这样后写入的结果才是移动距离更短的。容易看出,由`ss`表构造`gs`表的算法,其时间复杂度只有`O(m)`,可以注意到其中是有一个二重循环的,但是由于`gs`表中的每个位置至多写入一次,因此该循环还是至多只会被执行`O(m)`次。 那么接下里的问题,就是如何构造`ss`表了! > ss表的构造 首先还是先考虑一下如何通过蛮力来构造`ss`表,对于`ss`表中的每一项`ss[i]`,需要从该位置向前遍历,来找到一个最长匹配后缀,最坏情况下的时间复杂度为`O(m)`,因此蛮力算法的总体时间复杂度为`O(m^2)`。 下面介绍一种在`O(m)`时间内构造`ss`表的策略,这个策略连我邓公没有讲清楚,我就瞎写点东西...... 这种策略的基本思路是,对于`ss[j]`,应该利用此前的构造`ss`的匹配信息,从而快速的更新当前的`ss[j]`。简单说来有两种情形: 第一种情形如下图所示: ![buildss_case1](buildss_case1.png) 在构造`ss`表的过程中,动态地保存和更新之前的极大匹配后缀,分别用`lo`和`hi`来表示它的范围,即`P(lo, hi]`。此时`j`位于`lo`和`hi`之间,因此就可以找到这样一个位置`m - hi + j - 1`,以这两个位置为后缀的子串,至少拥有`j - lo`个完全匹配的字符。第一种情形是 ```c ss[m - hi + j - 1] <= j - lo ``` 此时,得益于`ss`的最值性,`P`的长度为`ss[m - hi + j - 1]`的后缀,必然是与`P[0, j]`匹配的最长匹配后缀,因此`ss[m - hi + j - 1`必然是`ss[j]`的最大取值,因此可以直接更新 ``` ss[j] = s[m - hi + j - 1]; ``` 倘若不满足第一种情形的条件,即 ```c ss[m - hi + j - 1] > j - lo ``` 则对应了这里的第二种情形,如下图所示: ![buildss_case2](buildss_case2.png) 在这种情况下,根据已有的信息,只能知道`P(lo, j]`与`P(m - hi + lo - 1, m - hi + j - 1]`是相互匹配的,因此`P(lo, j]`与`P(m + lo - j - 1, m - 1]`是相互匹配的,故`ss[j]`至少为`j - lo`。此时,`MS[j]`有可能继续向左侧扩展,因此需要依次对接下来的字符进行比对。此时将更新`hi = j`,并在一次比对成功后更新`lo`的值,即`--lo`,直到这样的比对失败,即可确定当前的`ss[j]`。 从这里也可以看出,`lo`和`hi`的更新是为了保证对接下来要进行确定字符,进行一个尽可能大的覆盖,而并非只是单纯地维护匹配后缀的最大值,以保证后面要遍历到位置,尽可能地处于`lo`和`hi`的包围中,从而可以应用这里的两种情形。 因此,可以形成下面构造`ss`表的代码: ```c int* buildSS(char* P){ int m = strlen(P); int* ss = new int[m]; ss[m - 1] = m; for(int lo = m -1, hi = m - 1, j = lo - 1; j >= 0; --j){ if((lo < j) && (ss[m - hi + j - 1] <= j - lo)){//case one ss[j] = ss[m - hi + j - 1]; } else{ hi = j; lo = __min(lo, hi); while(( 0 <= lo) && (P[lo] == P[m - hi + lo - 1])) --lo; ss[j] = hi - lo; } } return ss; } ``` 可以注意到,上面的代码中也是含有两重循环,但是由于`lo`和`j`都至多减少到零,而每一次循环都会执行`--j`或者`--lo`,因此循环至多执行`O(m)`次,其时间复杂度仍然是`O(m)`。