refactor(plugin): 移除已无调用者的物理分身源码改写器 (#6683)

物理分身是早期实现：复制整个插件目录，再用字符串替换改写副本源码里的类名、
plugin_config_prefix 和联邦构建产物。虚拟实例接管后，分身不再复制目录，
由装载器改写类身份、按实例 ID 隔离配置与数据，这套改写器随之失去调用者。

求证依据（全仓 git grep，覆盖 app/、tests/、scripts/、docs/、skills/）：

- PluginPackageManager.clone() 无任何生产调用者。分身的唯一生产路径是
  POST /api/v1/plugin/clone/{plugin_id} -> PluginManager.clone_plugin()
  -> PluginCloneService.clone()，后者只写 PluginInstance 记录与隔离配置，
  不碰包适配器。clone() 也没有经 PluginSystemServices 暴露出去。
- clone() 的四个私有实现 _modify_plugin_files / _modify_python_file /
  _modify_federation_files / _rename_federation_assets，消费者只有 clone()
  自身与 PluginSystemServices 的同名透传。
- PluginSystemServices 的四个透传，消费者只有 PluginManager 的 _modify_* shim。
- PluginManager 的四个 shim 无任何调用者。动态可达性已单独排查：
  全仓没有 getattr/字符串反射指向这些名字；app/runtime/compat/manifest.py
  不登记它们的别名（只有 app.core.plugin -> 本模块的模块级映射）；
  app/sdk/ 不再导出；PluginManager 与 PluginPackageManager 都没有
  __getattr__ 兜底，属性不存在即 AttributeError；官方插件基线
  official-plugin-baseline.json 零命中。
- @observe_compat_facade("PluginManager") 只包装类上已存在的方法，
  不会凭空合成属性，因此 shim 删除后 enforce_facade 再也匹配不到
  notices.py 里那四条 key，登记随之成为不可达数据，一并删除。

替代路径：这四条弃用声明当初承诺的替代目标是
get_plugin_system().package._modify_*()，那是一次「门面搬到适配器」的
重定位登记，本次连同能力一起下线；分身能力本身的替代路径是虚拟实例
PluginCloneService.clone()，它已在生产链路上，见
docs/v2-to-v3-overview.md §3.6「不复制插件源码，也能保持各实例配置隔离」。
既有磁盘上的旧物理分身不受影响：卸载路径读取 is_clone 属性并调用
remove_plugin_package() 的逻辑原样保留，只是不再产生新的物理分身。

这是对已公告弃用 API（DeprecationStage.SILENT，since v3.0.0）的正式移除。

连带改动：
- package.py 的 import re 仅服务于 _modify_python_file，同步移除；模块
  docstring 去掉「分身处理」。
- system.py 的 typing.cast 仅服务于被删透传，同步移除。
- tests/test_plugin_package_manager.py::test_clone_rewrites_python_and_federation_assets
  是这套改写器的唯一测试，且只覆盖已无调用者的路径，随实现一并删除。
  （删的是测试函数不是测试文件，tests/run.py 的分片装箱不变。）
- mypy 低水位随实现下降：app/runtime/extensions/plugin/manager.py 的
  assignment 8->4（四个 shim 的 version/icon 参数 str = None）、
  no-untyped-def 12->11（_rename_federation_assets 缺返回标注），
  fixture 与 docs/refactor/optimization-checklist.md 的全量 mypy 计数
  9,371 -> 9,366 同步更新。依赖、复杂度、ruff、并发等其余基线无变化。

Co-authored-by: jxxghp <jxxghp@gmail.com>

app/runtime/extensions/plugin/manager.py

@@ -1460,69 +1460,3 @@ class PluginManager(ConfigReloadMixin, metaclass=Singleton):
         :raise LookupError: 插件不存在，或 plugin_id 实为某个分身自身的实例ID
         """
         self._plugin_default_target.clear_target(plugin_id, instance_id)
-
-    def _modify_plugin_files(self, plugin_dir: Path, original_id: str, suffix: str,
-                             name: str, description: str, version: str = None,
-                             icon: str = None) -> Tuple[bool, str]:
-        """
-        兼容旧内部调用，将分身文件改写委托给包适配器。
-        :param plugin_dir: 插件目录
-        :param original_id: 原插件ID
-        :param suffix: 分身后缀
-        :param name: 分身名称
-        :param description: 分身描述
-        :param version: 自定义版本号
-        :param icon: 自定义图标URL
-        :return: (是否成功, 错误信息)
-        """
-        original_plugin_class = self._plugins.get(original_id)
-        if not original_plugin_class:
-            return False, f"无法获取原插件类 {original_id}"
-        return self._plugin_runtime.system().modify_plugin_files(
-            plugin_dir=plugin_dir,
-            original_class_name=original_plugin_class.__name__,
-            suffix=suffix,
-            name=name,
-            description=description,
-            version=version,
-            icon=icon,
-        )
-
-    @staticmethod
-    def _modify_python_file(file_path: Path, original_class_name: str,
-                            clone_class_name: str, name: str, description: str,
-                            version: str = None, icon: str = None) -> Tuple[bool, str]:
-        """
-        兼容旧内部调用，将 Python 文件改写委托给包适配器。
-        """
-        return PluginManager()._plugin_runtime.system().modify_python_file(
-            file_path=file_path,
-            original_class_name=original_class_name,
-            clone_class_name=clone_class_name,
-            name=name,
-            description=description,
-            version=version,
-            icon=icon,
-        )
-
-    def _modify_federation_files(self, dist_dir: Path, original_class_name: str,
-                                 clone_class_name: str) -> Tuple[bool, str]:
-        """
-        兼容旧内部调用，将联邦文件改写委托给包适配器。
-        """
-        return self._plugin_runtime.system().modify_federation_files(
-            dist_dir=dist_dir,
-            original_class_name=original_class_name,
-            clone_class_name=clone_class_name,
-        )
-
-    @staticmethod
-    def _rename_federation_assets(dist_dir: Path, original_class_name: str, clone_class_name: str):
-        """
-        兼容旧内部调用，将资源重命名委托给包适配器。
-        """
-        PluginManager()._plugin_runtime.system().rename_federation_assets(
-            dist_dir,
-            original_class_name,
-            clone_class_name,
-        )

app/runtime/extensions/plugin/system.py

@@ -4,7 +4,7 @@ from __future__ import annotations
 
 from collections.abc import Callable
 from pathlib import Path
-from typing import Any, Optional, cast
+from typing import Any, Optional
 
 
 class PluginSystemServices:
@@ -95,34 +95,6 @@ class PluginSystemServices:
         """通过唯一包事务 owner 删除插件物理目录。"""
         return bool(self.package.remove_plugin(plugin_id))
 
-    def modify_plugin_files(self, **kwargs: Any) -> tuple[bool, str]:
-        """把旧分身源码改写调用收口到唯一包适配器。"""
-        return cast(tuple[bool, str], self.package._modify_plugin_files(**kwargs))
-
-    def modify_python_file(self, **kwargs: Any) -> tuple[bool, str]:
-        """把旧 Python 类改写调用收口到唯一包适配器。"""
-        return cast(tuple[bool, str], self.package._modify_python_file(**kwargs))
-
-    def modify_federation_files(self, **kwargs: Any) -> tuple[bool, str]:
-        """把旧联邦构建产物改写调用收口到唯一包适配器。"""
-        return cast(
-            tuple[bool, str],
-            self.package._modify_federation_files(**kwargs),
-        )
-
-    def rename_federation_assets(
-        self,
-        dist_dir: Path,
-        original_class_name: str,
-        clone_class_name: str,
-    ) -> None:
-        """把旧联邦资源重命名调用收口到唯一包适配器。"""
-        self.package._rename_federation_assets(
-            dist_dir,
-            original_class_name,
-            clone_class_name,
-        )
-
 
 _services: Optional[PluginSystemServices] = None