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物理分身是早期实现：复制整个插件目录，再用字符串替换改写副本源码里的类名、
plugin_config_prefix 和联邦构建产物。虚拟实例接管后，分身不再复制目录，
由装载器改写类身份、按实例 ID 隔离配置与数据，这套改写器随之失去调用者。
求证依据（全仓 git grep，覆盖 app/、tests/、scripts/、docs/、skills/）：
- PluginPackageManager.clone() 无任何生产调用者。分身的唯一生产路径是
POST /api/v1/plugin/clone/{plugin_id} -> PluginManager.clone_plugin()
-> PluginCloneService.clone()，后者只写 PluginInstance 记录与隔离配置，
不碰包适配器。clone() 也没有经 PluginSystemServices 暴露出去。
- clone() 的四个私有实现 _modify_plugin_files / _modify_python_file /
_modify_federation_files / _rename_federation_assets，消费者只有 clone()
自身与 PluginSystemServices 的同名透传。
- PluginSystemServices 的四个透传，消费者只有 PluginManager 的 _modify_* shim。
- PluginManager 的四个 shim 无任何调用者。动态可达性已单独排查：
全仓没有 getattr/字符串反射指向这些名字；app/runtime/compat/manifest.py
不登记它们的别名（只有 app.core.plugin -> 本模块的模块级映射）；
app/sdk/ 不再导出；PluginManager 与 PluginPackageManager 都没有
__getattr__ 兜底，属性不存在即 AttributeError；官方插件基线
official-plugin-baseline.json 零命中。
- @observe_compat_facade("PluginManager") 只包装类上已存在的方法，
不会凭空合成属性，因此 shim 删除后 enforce_facade 再也匹配不到
notices.py 里那四条 key，登记随之成为不可达数据，一并删除。
替代路径：这四条弃用声明当初承诺的替代目标是
get_plugin_system().package._modify_*()，那是一次「门面搬到适配器」的
重定位登记，本次连同能力一起下线；分身能力本身的替代路径是虚拟实例
PluginCloneService.clone()，它已在生产链路上，见
docs/v2-to-v3-overview.md §3.6「不复制插件源码，也能保持各实例配置隔离」。
既有磁盘上的旧物理分身不受影响：卸载路径读取 is_clone 属性并调用
remove_plugin_package() 的逻辑原样保留，只是不再产生新的物理分身。
这是对已公告弃用 API（DeprecationStage.SILENT，since v3.0.0）的正式移除。
连带改动：
- package.py 的 import re 仅服务于 _modify_python_file，同步移除；模块
docstring 去掉「分身处理」。
- system.py 的 typing.cast 仅服务于被删透传，同步移除。
- tests/test_plugin_package_manager.py::test_clone_rewrites_python_and_federation_assets
是这套改写器的唯一测试，且只覆盖已无调用者的路径，随实现一并删除。
（删的是测试函数不是测试文件，tests/run.py 的分片装箱不变。）
- mypy 低水位随实现下降：app/runtime/extensions/plugin/manager.py 的
assignment 8->4（四个 shim 的 version/icon 参数 str = None）、
no-untyped-def 12->11（_rename_federation_assets 缺返回标注），
fixture 与 docs/refactor/optimization-checklist.md 的全量 mypy 计数
9,371 -> 9,366 同步更新。依赖、复杂度、ruff、并发等其余基线无变化。
Co-authored-by: jxxghp <jxxghp@gmail.com>